生信分析
01、转录因子分析及网络构建
针对特定转录因子的实验,可对差异基因进行转录因子结合位点的 motif 分析,从而推测差异基因中有哪些基因可能直接受该转录因子调节。后结果会用统计学方法进行检验,找到调控目标生物性状,统计学上有显著差别的转录因子….
02、信号通路网络图
此分析通过 IPA 的 Ingenuity Knowledge Base 数据库,基于基因的表达情况和相应的生物学功能,进行信号通路分析,直观展示基因的表达情况及与其他基因之间的相互作用关系…
03、分子建模预测
采用模式识别与数据挖掘技术有效进行模型的构建,将部分数据拿来做训练集预测模型,然后部分数据作为测试数据集(独立样本)来验证模型的准确性。小样本数据的建模在于筛选并评判 maker 的稳定性,便于后期实验验证;大样本数据的建模用于进行早期诊断、疾病预测。采用方法分为:线性分类器以及非线性分类器,并利用了 Leave-one-out cross-validation(LOOCV)以及 cross-validated misclassification error rate 的筛选策略找到优选 MARKER…
蛋白组代谢组
01. ITRAQTMT 相对定量蛋白组:
同重同位素标记的相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)技术由 AB SCIEX 于 2004 年研发推出的一种多肽体外标记技术。
02. 蛋白组学服务介绍:
蛋白质组(proteome)源于蛋白质(protein)与基因组(genome)两个词的杂合,意指在某一特定时间和空间条件下,一个细胞或一个组织基因组所表达的全部蛋白质。
03. 非靶向代谢组:
通过液质联用(LC–MS)或气质联用(GC-MS)方法筛选生物体受扰动或刺激前后代谢产物种类和含量的动态变化,找到差异代谢产物参与的代谢通路,进而阐述生物体代谢相关过程的代谢组学技术。
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